L'insieme delle trasformazioni nella Città della Ferrovia aspira alla riconfigurazione della struttura urbana nella sua parte centrale, sia facendo della "fabbrica" Stazione l'elemento di congiunzione tra il centro storico e la periferia storica, sia agganciando, con azioni molteplici e diversificate, i tanti insediamenti cresciuti intorno all'area ferroviaria. I contesti che maggiormente risentiranno degli effetti indotti dalle trasformazioni sui luoghi della Città della Ferrovia sono:
- gli Ambiti storici a tessuto compatto attorno a via Saffi e via Lame, che ospitano, fra l'altro, il centro culturale della Manifattura delle Arti destinato a diventare uno dei principali poli culturali della città;
- gli Ambiti storici a tessuto compatto tra via San Donato e via San Vitale,che comprendono al loro interno le sedi storiche dell'Università;
- l'insieme degli Ambiti della Bolognina che saranno direttamente coinvolti dalle numerose trasformazioni (Mercato, Stazione, riqualificazione della zona est).